阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳美妮亚女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞孃

某日，一块神奇的结晶体现身地球，被科学家宇宙翔拾得。与此同时，露娜和亚特密斯大吵了一架之后离家出走，却因病体力不支昏倒在了路上，宇宙翔将虚弱的露娜带回了家，精心照料，露娜渐渐恢复了活力。让大家没有想到

在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。1

高二那年夏天，美丽的女孩武藤里伽子（坂本洋子 配音）随母亲离开大都会东京，来到了古朴幽静的高知。聪慧美丽的里伽子在这个偏僻的小地方如此靓丽，引来了男孩们的爱恋的目光，而她孤高的性格又让女孩们颇多微词。