西暦1988年。人類は謎のUFO群の襲来により危機に瀕していた。人類の存亡をかけ、南海の秘密基地で建造されていた国連宇宙防衛艦?轟天は発進する。侵略者の正体は、太陽系から2万2千光年離れたメシエ13と

海底王国的人因不满人类的核武试爆干扰他们，因而派出梅加洛毁灭地上世界，并且控制了人造机器人喷射积格坐向导，不过人类终究夺回了喷射积格的控制权，并且通知了哥吉拉来消灭这只怪兽，没想到海底人连络了外星人，

ゴジラ生誕20周年記念作品。ブラックホール第3惑星人がゴジラそっくりのロボット、メカゴジラを使い地球侵略を企てる。ゴジラはアンギラスとともに迎え撃つが返り撃ちに遭う。しかし沖縄の伝説怪獣キングシーサー